制藥業是技術高度集成的產業，也是對新技術十分敏感的產業。該行業不僅面臨著如何提高生產效率的問題，還面臨著如何處理指導新藥開發的新工具、新手段問題——有些化合物經過細胞實驗、動物實驗之后，存在成為新藥的可能，如何預測這些化合物在人體內的表現，微流控技術極有可能做到這一點。一些微流控系統在生產的應用分析、在生物醫藥上的應用分析都已經在不斷向前發展，例如治療性抗體的蛋白質藥物生產工藝的優化和檢測所用到的分析系統。其它的的應用，例如基于人體原代細胞（可以預測藥物在臨床試驗中的表現）的分析，在技術上較為復雜，但卻是可行的。無論在哪種應用中，都必須和微系統相結合，同時考慮數據的高重復性和操作的簡便性。