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以CRISPR 為基礎的CARMEN 微流控芯片平臺,提供高通量檢測或多重感染分析

麻省理工學院和哈佛大學的研究團隊近日在《自然》期刊中發表了一項重要研究:一項名為用于核酸多重評估的組合陣列反應(Combinatorial Arrayed Reactions for Multiplexed Evaluation of Nucleic acids, CARMEN)的新型檢測技術,將新冠肺炎的病原體SARS-CoV-2也納入檢測對象之中。這是一種應用了SHERLOCK的CRISPR分子診斷微流控芯片單一一個芯片,一次可以針對一種病毒檢測1000多個樣本,或一次針對一個樣本中多達169種病毒進行檢測(當然,可以處理的樣本個數就相對減少)。

這個橡膠材質的芯片只比智能手機稍大,其上有數以萬計的小孔。使用CARMEN平臺時,研究人員須先從樣品中取得病毒RNA并擴增其遺傳物質,再將其獨特的螢光染料添加至樣品中,并將混合物分成僅有納升的微小液滴。另外在反應試劑方面,則是將含有CRISPR/Cas13、引導RNA(guide RNA, gRNA)和報導RNA(reporter RNA)的混合物,同樣用螢光標定、編碼,并分為小液滴,與標定好的樣本于芯片上的小孔中混合。

CARMEN微孔芯片

CARMEN微孔芯片

當檢測試劑中的CRISPR/Cas13在gRNA的引導下辨識到其靶標(例如特定的病毒遺傳序列)時,就會切割周邊包括報導RNA的所有RNA分子,進而釋放出特定的螢光信號 

應用此平臺,從提取RNA到取得結果約需8個小時,但是由于可以同時檢測一個樣本中169種病毒,因此,臨床上可以同時了解患者是否有多重感染。而且若只檢驗單一病毒,則單次反應就可以分析一千多個患者的樣本,只要增加多個芯片運作,就可輕易提升檢測速率,預計未來在公衛領域將有廣泛應用。


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