包括原位合成、預合成后點樣、接觸式點樣和非接觸式點樣四種方式。

原位合成：適用于寡核苷酸，通過光引導蝕刻技術。已有P53、P450，BRCAI/BRCA2 等基因突變的基因芯片。

預合成后點樣：是將提取或合成好的多肽、蛋白、寡核苷酸、cDNA、基因組DAN等通過特定的高速點樣機器人直接點在芯片上。該技術優點在于相對簡易低廉，被國內外廣泛使用。

接觸式點樣：是指打印針從多孔板取出樣品后直接打印在芯片上。打印時針頭與芯片接觸。優點是探針密度高，通常一平方厘米可打印2500個探針。缺點是定量準確性及重現性不太好。

非接觸式點樣：針頭與芯片保持一定距離。優點是定量準確重現性好，缺點是噴印的斑點大，密度低。通常一平方厘米只有400點。但是日本佳能公司能把噴印點直徑大小由150-100μm降到30-25μm。可將哺乳動物整個基因組DNA點陣于一張芯片上成為可能。