對于一個PCR反應，雖然有各種各樣的PCR儀引物設計軟件或者經驗公式計算最適的退火溫度，可是由于模版中堿基的組合千變萬化，對于特殊片斷，經驗公式得到的數據不一定能"P"出來結果，細微的變化對結果都可能產生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。梯度PCR的出現部分解決了一些問題——在反應過程中每個孔的溫度控制條件可以在指定范圍內按照梯度變化，根據結果，一步就可以摸索出最適合的反應條件。

不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可以優化——對于多種聚合酶混合酶擴增如Invitrogen、Clontech、Promega的多數高保真Taq酶來說這個非常重要，因為Taq和校正酶的最佳反應溫度可能有顯著差異，優化延伸溫度就顯得很重要。多次實驗可在一臺儀器上完成，既節省實驗時間提高效率，又節省實驗成本。

對于帶梯度功能的PCR儀，需要考慮梯度模式下不同梯度管排間的溫度均勻性和準確性，還必須考慮儀器在梯度模式和標準模式下是否具有同樣的溫度特性。這種差異可能導致在梯度模式下得出的最佳條件與標準模式下單獨做的結果出現差異。SteadySlope技術是eppendorf擁有的梯度PCR技術專利，可以同樣的溫度變化速率到達所有設定的梯度溫度，所以在梯度模式下具有恒定的溫度性。這一技術保證了在梯度模式和普通模式之間可以進行可靠的信息傳遞，不會因為溫度特性不同而導致產量和特異性的變化。

除具標準PCR儀功能外，其梯度模塊還能同時進行多個不同退火溫度的PCR反應，在梯度模塊上，可實現對梯度溫度和梯度寬度等參數的調整，自由編程溫度，梯度實現不同樣品的退火溫度并同時進行熱循環。僅一次實驗就能確定特定體系相應的最優退火溫度。從而可在短時間內對PCR實驗進行優化，大大提高PCR科研效率。

由于PCR儀獨特的優點，可應用多種高科技領域：分子生物學、醫學、食品工業、司法科學、生物技術、環境科學、微生物學、臨床診斷、流行病學、遺傳學、基因芯片、基因檢測、基因克隆、基因表達等領域以聚合酶鏈式反應為特征的、以檢測DNA/RNA為目的的各種病原體檢測及基因分析。

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